曹操的死，对曹家政权来说，相当于一场十级地震，因为他人是在洛阳死的，他一死，他带着的几十万大军顿时陷入群龙无首的境地，而且一部分青州（山东）籍的官兵已经擅自离开洛阳，自己回青州老家去了，各地对曹操暗中不服的势力，也开始蠢蠢欲动。更重要的是，从曹丕到手下的各级文官武将，都不能马上习惯没有曹操的日子，一起陷入了混乱状态。
当留守邺城的曹丕和各级听到曹操去世的消息，第一反应就是聚在一起大哭个不停。这个时候，首先站出来安抚局面的，是司马懿的弟弟司马孚。根据《晋书.司马孚传》记载，曹操的丧事是司马孚负责主办的，但是在《晋书.司马懿传》里，又说曹操的丧事是司马懿全权负责的。但是无论如何，曹操的葬礼都是司马家族的人办理的，而且是井井有条、丝毫不乱，最终，曹操的棺材平平安安、风风光光的被送回了邺城，这一次葬礼，在让世人瞩目的同时，也更使得大家对司马兄弟刮目相看。曹丕继承魏王王位以后，伺候了他很长时间的司马懿，也终于正式迈入了他仕途的康庄大道，被封三级侯爵河津亭侯，当了曹丕丞相府的长史（首席副官）。
曹丕虽然已经继承魏王，但他统治的地域内，仍然是人心惶惶，甚至有谣言说刚刚和解的孙权趁着曹操刚死，要翻脸来进攻。在人心已乱的情况下，曹丕周围的很多人都认为襄阳、樊城刚刚遭遇大战，要人没人，要粮没粮，肯定坚守不住，当时镇守襄阳的，仍然是曹仁，大家就建议让曹仁放弃襄阳，退到中原地区的宛城（河南南阳）。司马懿表示了不同意见，他说：“孙权最近击败了关羽，正要依靠我们对付刘备，绝对不会主动来进攻。襄阳是交通要道，是抵抗敌人的要害之地，绝对不能放弃。”当时，当时到会讨论的大臣们都惊慌失措，包括曹丕心里也没底，最终还是命令曹仁烧毁了襄阳、樊城这两座极其重要的战略要地，可是孙权并没有打过来，曹丕一听这个消息，非常后悔，不禁更信服司马懿的判断力了。
10月29日，曹丕强迫汉献帝交出皇帝宝座，登基称帝，建立了曹魏帝国。司马懿为曹丕当皇帝卖了很大的力气，自然又是加官进爵，升任尚书（国务院部长），不久又加封为二级侯爵安国乡侯，先后升任督军（军队监察官）、御史中丞（大监察长）。221年，司马懿被免去督军官职，升任侍中（皇帝高级顾问）、尚书右仆射（******）。
在不断升官的同时，司马懿也终于如愿以偿，成为独当一面的领兵大将。在224年2月，曹丕离开首都洛阳，准备对孙权展开攻势，司马懿则被升任抚军大将军，持有皇帝三级符节——假节，领兵五千人镇守陪都许昌，同时又享受到了实际上的*****待遇——督后台文书。司马懿虽然也喜欢升官儿，但是自己都觉得这么快升迁太招人眼热，就不肯就职，曹丕语重心长的教导他：“我天天处理这些杂事，没白天没黑夜，连休息日都没有，我让你当总理不是给你升官，是让你多替我干活哪！”
曹丕大举进攻东吴，临走的时候，跟司马懿说：“你看家看的好，我才能打胜仗。好好给我看家吧，这是最重要的责任！”曹丕走了以后，司马懿既负责内政、又负责供应前方军事物资，曹丕回师首都洛阳，又给司马懿写下诏书说：“以后我东征，你就在西面看家；我西征，你就在东面看家。”于是司马懿继续留守仅次于首都洛阳的陪都许昌，我们可以看出来，现在的司马懿已经不仅仅是独当一面了，而是成为了曹丕的大内总管。
然而就在公元226年5月，仅仅40岁的曹丕就得了暴病，很快就病危了。临死的时侯，他把抚军大将军司马懿和另外三个一品大将军——中军大将军曹真、镇军大将军陈群、征东大将军曹休同时任命为为辅政大臣，负责辅佐当时只有22岁的太子曹睿。临死前，曹丕还特别对曹睿说：“以后如果有人说这几个人的坏话，你绝对不要相信。”
曹睿即位之后，司马懿被改封为舞阳侯。8月，南方的孙权知道曹丕去世，分两路大举进攻曹魏帝国，司马懿和另一位辅政大臣曹真配合，分别击退孙权的进攻。12月，司马懿因为战功显赫，由抚军大将军再升为骠骑大将军。公元227年6月，司马懿被任命为都督荆州、豫州军事（湖北、中原军区总司令），驻扎在宛城(河南南阳)，从此正式开始了他作为大军区司令南征北战的漫漫生涯。
就在司马懿刚刚上任的时候，蜀汉帝国的实际领导人诸葛亮已经在汉中集结大军，准备对曹魏帝国展开全面攻击，在诸葛亮发动进攻之前，他联络了原先背叛了蜀汉帝国的新城太守（湖北房县）孟达，重新效忠蜀汉，孟达虽然答应，但迟迟犹豫不决，不敢立刻起兵。司马懿知道孟达将要背叛，一面写信好言安抚，一面立刻带人从宛城急行军打了过去。当时，宛城距离新城足足有六百公里，而且途中大半都是山路，非常不好走，孟达非常坚信司马懿不可能亲自来，他的部队也不可能那么快就到，可是，八天之后，司马懿领着大军已经到达新城，十六天之后，就把新城攻了下来。
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