在相对和平的时间里，司马懿也把主要精力放在了内部人的身上。有一次，他给曹操写信，指出当时的荆州刺史胡修、南乡太守（湖北淅川南部）傅方，一个是横征暴敛，一个是挥霍无度，不像忠臣良将，不应该守在边境地区。曹操为了大局的安定，没有对这两个人加以惩罚。公元219年，关羽从江陵（湖北江陵）北上，进攻曹操政权在湖北的第一重镇樊城（湖北襄阳），还全歼了曹仁部将于禁、庞德率领的军队，曹仁难以抵抗，只好退入樊城死守，关羽一面猛打樊城，一面又派人包围和樊城隔着一条汉江的襄阳，在这个万分危急的时刻，司马懿所弹劾的胡修、傅方不仅没有救援曹仁，反而痛痛快快的就投降了关羽，使得曹仁本来面目全非的局面更加雪上加霜。
受到关羽的影响，原本是曹操大后方的中原地区，自许昌以南，纷纷背叛曹操去响应关羽，可以这么说，关羽的攻势，是自官渡之战以后曹操政权面临的最大危机。而与此同时，曹操已经走到了生命的最后阶段，精力已经严重不足，最后居然想把都城从离关羽战场很近的许昌迁到黄河以北的邺城去。在这个时候，又是司马懿力站了出来劝住曹操，同时，他出了一条改变日后三国形势的绝妙计策。
司马懿说：“于禁等人的部队被大水击败，并不是战略战术失策，这种战败，对于国家大局并没有致命影响，但是如果轻率的迁都，不但是向敌人示弱，而且会造成中原地区的连锁崩溃。孙权和刘备两个人，表面上亲近而内心早已反目成仇，现在关羽获得胜利，孙权一定不高兴，我们可以联系孙权，让他在后方绊住关羽，那么樊城的围困也自然就解除了。”
司马懿的计策，是围魏救赵之计的经典再现，最为难得的是，他的思维居然这么有跳跃性，能够在自己一方被一个死敌逼得发疯的时候，想到去和另一位死敌去联合。要知道，自从公元208年赤壁之战以后，曹操就把孙权、刘备列入必杀名单，因为正是这两个人毁灭了他一统天下的梦想，在11年的战争中，曹操和孙权大打小打十几场，损兵折将无数，甚至孙权本人都差点儿被曹操的军队杀死。但是，司马懿能够在极短的时间内冲破11年的政治惯性，快速上升到绝对理性的高度去思考重大问题，这才是一个杰出政治家特有的头脑。最终，同样是杰出政治家的曹操一听司马懿的绝妙好计，立刻和另一位杰出的领袖孙权快速取得了和解，在两大军团的前后夹击下，关羽全军覆灭，刘备一方永远失去了荆州。曹操自赤壁之战之后同时面对刘备、孙权的艰难局面一举改变。
大战虽然过去，但曹操仍然惊魂未定，总是难以忘记许昌以南一起背叛的场景，晚年的他，猜忌多疑而且有仇必报，为了确保中原的安定，曹操认为，应该把许昌以南的所有百姓全部迁走。
这是一项荒唐透顶的规划，如果真的实施，立刻就会再次引起大规模的动乱。因为关羽事件已经表明，曹操虽然貌似强大，但他并不是那么得人心，即使他统治中原已经将近二十年，希望变天的人仍然很多。如果强行迁移，无异于火上浇油，恐怕刘备、孙权还没打过来，中原就已经再次暴发起义了。
在这个时候，司马懿又出现了，他对曹操说：“荆州这里的人民风彪悍，容易搞事儿还不容易安抚。关羽被击败以后，各种心怀叵测的人仍然躲在暗处观望，如果不论是否无辜都一律迁走，不仅伤害了平民的心，也让那些隐藏在平民里的坏人再次作恶。”曹操不愧是一个杰出的领袖，虽然经常犯浑，但只要一听到正确的意见，立刻就能改正过来。在官方的安抚之下，老百姓很快摆脱了大战乱带来的动荡，很多当初因为起事而逃跑的人，也都陆陆续续回到家乡，重新做起正常人的生活了。
根据《晋书》记载，曹操虽然重用司马懿，可是对他总是非常防范，甚至几次都想要杀掉他。说起原因来，就是擅于观察人的曹操发现司马懿的志向过大、能力过强，渐渐就对他心存戒心。后来有人造谣，说司马懿走路回头的样子很像一头狼，只转脑袋不转身子。那狼是什么东西呢？历来是象征残忍、狡诈、没良心的动物。说司马懿是狼，明显就是害他。曹操听说以后，还专门把司马懿叫来，让他走路的时候回一下头，结果司马懿果真就像狼一样，身子冲前，只转过个脑袋看着曹操。其实我个人认为，这只能说明司马懿脖子长，并不能说明其它问题，可关键是曹操从此就相信了司马懿不是个好东西。
据说到了后来，曹操又梦到了三匹马在一个槽里吃草，古人认为梦能预示未来，曹操认为这个梦里的马就是司马懿，草就是曹的意思，这不就是司马懿将要吃掉曹家的意思马？曹操对他的继承人曹丕说，司马懿恐怕不甘心只做大臣，将来咱们的基业恐怕要会在他手里。司马懿把曹丕伺候的很舒服，曹丕就总是给司马懿说好话，而司马懿自己本身就很小心谨慎、勤勤恳恳，曹操对他的态度也逐渐发生了变化。
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