1,并不是所有人类都愿意生活在Matrix中。
2,并不是Matrix中的所有程序都是为机器原来的目的而存在的。
由于存在这两种情况，Matrix必须是一个能不断升级的系统，于是The-One被设计了出来，机器的想法是：在现实中建造锡安城，让只愿生活在真实中，而不愿生活在Matrix中的人都集中到锡安，并让The-One加入到他们的行列，收集这部分人不愿生活在Matrix中的原因，然后摧毁锡安城，让The-One回归Matrix系统核心，完善Matrix系统，最后reload Matrix系统进行升级，减少不愿生活在Matrix中的人的数量，最终使所有人都愿意生活在Matrix虚拟世界中。
The-One是程序，由Oracle（先知）种植、唤醒并引导，这一次The-One被种植在Neo的思维中了。
在Matrix系统中出现的不为设计者原来目的而存在的程序，按原来的做法，这样的程序是一定要被删除的（如那个小女孩）。在机器看来，人类没有选择，人类的思维必须生活在Matrix虚拟世界中。
对于不愿生活在Matrix中的人来说，他们认为生活在Matrix是人类被机器奴役，人类必须生活在真实中，机器必须被消灭。
因此，双方原先都认为：机器与真实世界人是不能和平共处的。
于是.......结果可想而知。
Smith的出现是Matrix建造者未预料到的，它是由于程序The-One而引发的副作用，成为机器超级用户（即建筑师）无法捕捉的病毒程序，他在Matrix里疯狂复制，甚至可以侵入现实中人类的思维中，如果任其发展，Matrix世界将被摧毁，而现实中的人类的思维也会受其控制，虚拟世界和现实世界都将毁于Smith之手。
最后Neo牺牲自己，在Matrix虚拟世界中被Smith复制，终于被机器捕捉到Smith的源程序，然后实行杀毒工作。
结果就是，机器和人类都认识到，不能阻止人类和程序的选择，人类有权利选择生活在Matrix中还是生活在真实中，机器要彻底消灭所有宁愿生活在真实中的人是不可能的，而人类要消灭机器，要所有人都回到真实生活中也是不可能的，毕竟绝大多数人愿意生活在Matrix中。而对于Matrix中的程序来说，想彻底消灭不为设计者原来目的而存在的程序也是不可能的，因为程序也会从人类本性中获得新的内容（例如爱），于是小女孩也不再被系统删除了。
机器和人类共同消灭了系统病毒Smith，终于可以和平共处（虽然不知道能保持多久）。
至于Neo本身，可能是死了，也可能其思维在杀毒时被机器一起删除，这就留待方雅君去思考了。
方雅君被杜星河对这部影片的理解震撼的无以复加，到最后不禁问杜星河：“你到底看过几遍这部电影了？”
杜星河笑道：“数不清了，只要进入幻象世界，能找到这部电影的地方，我都会看看，来震撼一下我自己。说实话，看过这部电影之后，我都怀疑我们生活的到底是不是真实的了。”
方雅君感叹道：“被你说的，我也开始怀疑了。”
杜星河看方雅君入戏了，不那么老想着自己被迫害了，便继续添油加醋的给方雅君讲述了更多的有关《黑客帝国》的事情，他通过26个英文字母开头的关键词，来帮方雅君强化《黑客帝国》的哲学思想，以让她更加明白幻象与真实世界的不同——
A，爱丽丝漫游仙境（Alice-In-Wonderland）
1860年，在英国作家刘易斯-卡罗充满想象力的笔触下，好奇的爱丽丝在追逐兔子的过程中，悠然掉入一个曼妙神奇的梦幻世界。1999年，在沃卓斯基兄弟的《黑客帝国》中，怀疑世界出了问题的Neo则追随一个有小白兔文身的性感女郎来到地下Rave-Party，从此而一发不可收拾，走入真实的荒漠。
B 鲍德里亚（Baudrillard）
在第一集中，一个计算机朋克带着他的小白兔女友来尼奥家做交易，尼奥从一本掏空的书中拿出一碟非法软件——那本掏空的书就是鲍德里亚的名著《仿像与模拟》。这是第一次让人有据可查地的看到鲍德里亚对《黑客帝国》的影响。而莫菲斯的那句著名台词“欢迎来到真实的荒漠”，则直接出自书中第一章第一页的第二段。
让•鲍德里亚，法国思想家，也是旗帜最为鲜明，著作最为晦涩的后现代“超级”理论家。80年代以来，其作品被广泛翻译到英语世界，旋迅速确立其“后现在理论精神导师”之地位。与福柯和德勒兹相比，鲍德里亚对消费社会，当代艺术，社会形态及转型等方面的研究和思考无疑更加深入和富于启发性，类象社会就是他提出来的。他的理论对图像有非常深入的研究，对摄影更不无启发。
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