太傅袁隗早知道这次晨会没什么好事，是故早称病不朝，董卓便派人把废立皇帝的计划送给袁隗看。袁隗不敢违拗，只好回报同意。从此，朝堂之上再无反对董卓的声音。董卓又在崇德前殿召集百官，威胁何太后下诏废黜少帝刘辩，诏书说：“皇帝为先帝守丧期间，没有尽到作儿子的孝心，而且仪表缺乏君王应有的威严。如今，废他为弘农王，立陈留王为皇帝。”袁隗把少帝刘辩身上佩带的玺绶解下来，进奉给陈留王刘协。然后扶弘农王刘辩下殿，向坐在北面的刘协称臣。何太后哽咽流涕，群臣都心中悲伤，但没有一个人敢说话。
废立皇帝之后，董卓又对何太后看不顺眼，认为她有碍自己在朝廷上下自由行动和树立威信。于是，董卓又大会群臣，向大臣们数落太后所谓的罪行，说她如何如何逼迫婆母永乐皇太后（灵帝刘宏的母亲），以致皇太后忧虑而死。这种违背婆媳常理、不讲孝顺礼节的教法，应当受到严厉惩处。之后，董卓便责令何太后迁居永安宫。不久，董卓又派郎中令李儒进献毒酒给弘农王，弘农王被毒死后，何太后也被毒死。
通过对中央政权最高阶层人员的更换和处理，整个东汉政府几乎完全受制于董卓：皇帝的废立、朝臣的任免、重大政策的制定，都由董卓说了算。此时，野心极度膨胀的董卓，已经目空一切。
改立献帝之后，董卓将自己升迁为太尉，成为三公之一，掌管全国军事和前将军事务，后又自封郡侯，拜国相，跃居三公之首，掌宰相权。董卓虽然名为“一人之下，万人之上”的国相，但实际上却远远超越皇帝，享有“赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿”等特权。
一人得道，鸡犬升天。自己加官进爵后，董卓恨不得把家里养的狗都弄个官当当。他利用自己手中的特权，大肆加封董氏家族成员。他首先封自己的母亲为池阳君，越礼配备家令和家臣，地位与皇家公主相当。同时，董卓又拜弟弟董旻为左将军，封雩侯，另外还封自己年幼的孙女为谓阳君。更有甚者，“卓侍妾怀抱中子，皆封侯，弄以金紫”。
为了更有效地控制皇帝，董卓不顾朝臣反对，胁迫献帝将都城从洛阳西迁至长安。董卓还无视礼制和皇威，在自己的封地修筑了与长安城墙规模相当的坞堡，高厚达七丈，明目张胆地用“万岁坞”来命名，并规定，任何官员经过他的封地时，都必须下马，恭恭敬敬地对他行大礼。
初到洛阳时，董卓手下虽然也集结了一批心腹亲信，但是，要在庞大的中央官僚体系中纵横捭阖，单靠这些人是远远不够的。况且当时朝中许多有一定势力和影响的官僚，根本就不服董卓。
对此，李儒建议董卓用拉拢、诱惑、排挤等手段打击一切于己不利的势力和集团。于是董卓任命朝中公卿及以下官员的子弟为郎官，以填补原来由宦官担任的职务，在宫殿侍侯皇帝。董卓极力拉拢司徒黄琬，司空杨彪，又率领三公等大臣上书，请求重新审理陈蕃、窦武以及党人的案件，一律恢复爵位，派使者去祭悼他们的坟墓，并擢用他们的子孙为官。
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